Annette Müller war von 2005 bis 2009 als Schauspielerin festes Ensemblemitglied am Hessischen Staatstheater Wiesbaden. 2010 wechselte sie als künstlerische Leiterin des Jungen Theaters ans Hessische Landestheater Marburg und war dort unter der Intendanz von Matthias Faltz bis zur Spielzeit 2018/19 künstlerische Leiterin des Jungen Theaters und Hausregisseurin. Seit 2017 arbeitet sie als freie Regisseurin unter anderem am Landestheater Tübingen, Theater Dortmund, Theater Magdeburg, Nationaltheater Mannheim, Theater Regensburg, Theater Reutlingen, Landestheater Dinslaken, Theater Plauen- Zwickau, Landestheater Detmold, Volkstheater Rostock, FWT Köln etc. und als freie Dramaturgin gemeinsam mit HARTMANNMUELLER, SEE!, Montserrat Gardo Castillo/Petr Hastik u.a auf PACT Zollverein, im Tanzhaus NRW, FFT Düsseldorf, Ringlokschuppen Mülheim, Urbane Künste Ruhr etc.